Byla to první historická sezona nejvyšší soutěže ledního hokeje v samostatné České republice. Do prvního ročníku české extraligy v sezoně 1993/94 vstoupil AC ZPS Zlín úspěšně a základní část dokončil na čtvrtém místě, v play off se opět projevil „sparťanský komplex“ a tým z Holešovic vyprovodil Berany po dvou těsných výhrách i výsledkem 10:0! Zlínští Berani obsadili v konečném účtování sedmé místo. Zajímavé je, že se ve finále potkal sedmý a šestý tým po základní části a první extraligový titul překvapivě získali hráči Olomouce. V nejvyšší soutěži se představilo dvanáct českých a moravských celků, bojovalo se čtyřkolově každý s každým, ve druhé nadstavbové části se soutěž rozdělila na prvních osm celků pro vylučovací play off, která se hrála na tři vítězná utkání. Mužstva na posledních čtyřech místech hrála turnaj o udržení. Zajímavostí ročníku bylo, že plocha zlínského zimního stadionu byla upravena a rekonstruována na užší kanadské rozměry.
Typickým znakem výkonů a výsledků zlínského mužstva v této sezoně byly obrovské výkony a vysoký počet inkasovaných branek v mnoha utkáních. Zajímavý byl rovněž fakt, že v celé základní části Zlín neprohrál se Spartou, nicméně právě Pražané je posléze ve čtvrtfinále play off hladce vyřadili. V těchto letech byla Sparta zlínským osudem. Mužstvo na začátku sezony vedli Josef Augusta a Miloš Říha. Po neuspokojivých výsledcích v úvodu sezony byl Augusta odvolán a od poloviny října tým vedl právě Říha. Z nových tváří se ve Zlíně objevili Petr Kaňkovský, Petr Kuběna, Benák, Pavel Janků, Roman Mejzlík, Kotrba a vlastní odchovanci Petr Čajánek, Miloslav Gureň. Zajímavostí sezony bylo, že na zápasy play off se Spartou kolektiv posílila trojice slovenských hokejistů z Popradu Wittlinger, Kroták a Pavličko. Do světa seniorského hokeje v této sezoně poprvé nakoukl Petr Čajánek. „Můj přechod z dorostu mezi dospělé nebyl příliš jednoduchý. Vedení klubu se stále rozhodovalo, zda mne má přeřadit anebo ne. Dost dlouho jsem rovněž čekal na smlouvu. Poté jsem spíše zaskakoval v sestavě, kde bylo potřeba, nicméně dal jsem svých prvních pět seniorských gólů. Lední hokej zcela ovládl můj život. Jako zlínský rodák jsem v klubu od prvních krůčků.“
Do druhého ročníku samostatné české extraligy 1994/95 postoupili mezi elitu dva nováčci. HC Slavia Praha a HC Dadák Vsetín. Zatímco Pražané si hlídali těsný postup do play-off, Vsetín se od začátku překvapivě zařadil mezi absolutní špičky extraligy. AC ZPS Zlín patřil mezi nejlepší týmy také, neboť dokázal po základní části obhájit čtvrté místo z loňska. A právě od dobrých výkonů ve dlouhodobém měření sil se Zlínští odrazili k nejvyšším metám. Nejprve si po vyrovnaných bojích poradili s nepříjemným celkem Plzně a pak je čekal soupeř z nejtěžších. HC Kladno bojovalo celý rok o první místo se Vsetínem a se slavnou útočnou řadou „blue-line“ bylo hodně silné. Kladenští se zachránili ve čtvrtém zápase až na trestná střílení, ale rozhodující duel na domácím ledě nezvládli a hokejisté z města obuvi tak putovali zaslouženě do finále. V něm se potkali s rivalem ze sousedního Vsetína a na světě bylo první valašské finále. Zlín první zápas na Lapači začal výborně, dokonale domácí zaskočil a po dvou třetinách vedl 6:0. Ve třetí třetině nastal nepatrný zlom v tomto zápase, ale určitě rozhodující pro celou sérii. Vsetín dal tři góly, utkání sice prohrál, avšak nastartoval vítěznou jízdu za titulem. Druhý zápas vyhrál 2:1, ve Zlíně zvítězil 4:2 a v posledním zápase z offsajdu vyrovnávající Josef Štraub už nezabránil Vsetínu v celkovém triumfu. Na začátku prodloužení totiž kotouč rozehrávajícímu Kowalczykovi nešťastně uvízl v louži po úpravě ledu a kapitán Vlach ho zpoza brány zasunul za záda nic netušícího Kameše. Vsetín tak překvapivě jako nováček vybojoval extraligový titul ...
V další sezoně 1995/96 Vsetín uhájil své pozice z minula a Zlín si postup do play off také pohlídal. Do extraligy přibyly další dva týmy, v minulosti slavná Kometa Brno a ambiciózní tým z Třince. Konečně se alespoň v základní části prosadila Sparta, honosné plány pražského velkoklubu však překazil Litvínov. Stejný klub vyřadil i zlínské hokejisty po neuvěřitelně vyrovnaném čtvrtfinále. Zastavil ho až Vsetín, který tak po již tradičním zaváhání v prvním zápase „sestřílel“ hráče Chemopetrolu z ledu. Po třech letech víceméně úspěšného působeni v samostatné české extralize přišly na zlínský tým dva špatné roky. Neúspěch v podobě 10. a 11. místa, který znamenal stop v cestě do play off, byl velkým rozčarováním pro vedení klubu a hlavně hořkým zklamáním pro fanoušky. Odcházeli a přicházeli hráči, měnili se trenéři a před sezónou 1998/99 se o ambicích týmu s beranem na prsou mluvilo spíše potichu. Na trenérském postu se objevila dvojice Zdeněk Venera, Antonín Stavjaňa a v prvé radě bylo potřeba urovnat kádr. Odešli zkušení hráči typu Krajíček, Kuchyňa, Jánoš, Haščák a především někdejší nejlepší extraligový střelec Pavel Janků. Na zimním stadionu Luďka Čajky tým neprohrál rekordních 24 utkáni v řadě a zapsal se výrazným písmem do hokejových statistik. Dobrými výkony se však Zlín neuspokojil a všichni věděli, že pravé boje a ta rozhodující utkání přijdou v play off. Před začátkem vyřazovacích zápasu se začala v tisku objevovat vyjádření potencionálních soupeřů. Nikdo si nepřál Vsetín, pár mužstev si prý věřilo na Spartu, ale naprosto všichni byli ochotni vyzvat Zlín. To však mohlo zlínským hráčům jedině pozvednout sebevědomí. Zlín v play off vyřadil Pardubice, Třinec a dostal se podruhé v české extralize do finále a opět proti Vsetínu. Ve druhém valašském finále se radoval opět Vsetín, nicméně Berani se těšili z druhého extraligového stříbra V sedmém ročníku extraligy – sezona 1999/2000 se hokejový tým ze Zlína představil pod názvem HC Barum Continental pod vedením trenérské dvojice Antonín Stavjaňa, Stanislav Přikryl. Zdálo se, že by v lecčems mohl navázat na předchozí ročník. Po základní části figuroval na druhém místě, v play off se však daleko nedostal, červenou mu překvapivě ukázal ve čtvrtfinále tým Litvínova. V následující sezoně 2000/2001 mužstvo vedli Antonín Stavjaňa, Zdeněk Venera a tým vystupoval pod názvem HC Continental Zlín. Mužstvo se drželo na čelních příčkách extraligové tabulky, nicméně v závěru základní části tým postihla krize, která vyvrcholila sestupem na osmou příčku. V play off čekal opět sousední Vsetín. Zlín se mnohonásobného mistra nezalekl a sehrál vyrovnanou partii. Nakonec po prohře 2:4 na zápasy odešel z boje se vztyčenou hlavou.
V sezoně 2001/2002 odešel z trenérské lavičky odešel Antonín Stavjaňa, na trenérském postu pokračoval Zdeněk Venera, coby asistent se přidal klubový patriot Stanislav Přikryl. Základ týmu zůstal pohromadě, k oporám mužstva patřili Petr Čajánek, Petr Leška, Martin Hamrlík, Radovan Somík a Jaroslav Balaštík. Právě kapitán Petr Čajánek převzal klíčovou roli vůdce. Celek v základní části podával výborné výkony a obsadil druhé místo. Berani v prvním kole play off narazili na znojemské Orly a v sérii již prohráli 1:3 na zápasy. Jako první mužstvo v české extralize dokázalo otočit nepříznivý stav. V sedmém rozhodujícím zápase poslal Zlín do semifinále brankou v prodloužení Petr Leška.V semifinále čekal tým Vítkovic, který měl více sil. Zlín zůstal před branami finále, nicméně konečná třetí příčka a zisk bronzových medailí patří k velkým úspěchům zlínského hokeje.
V roce 2002 došlo ke změně v pozici generálního sponzora a názvu klubu. Do zlínského hokeje vstoupila potravinářská firma Hamé, a.s. Babice, ve znaku klubu berana vystřídal medvěd. Nový generální sponzor poskytl záruku ekonomické jistoty. Zlín vstoupil do sezony 2002/2003 s vysokými ambicemi. Hráčský kádr však prošel silným zemětřesením, v létě odešli do NHL Petr Čajánek, Radovan Somík, do pražské Sparty zamířil vítěz kanadského bodování extraligy Petr Leška. Nové posily nedokázaly nahradit odcházející hráče, k tomu se přidala řada zranění klíčových hráčů a mužstvo se trápilo na chvostu tabulky. Ke změně nepomohlo ani odvolání trenérské dvojice Antonín Stavjaňa, Stanislav Přikryl. Konečné třinácté místo patří k nejhorším umístěním zlínského hokeje v historii české extraligy.
